▲稲荷塚。弥生時代後期の円墳ではないかと言われている。

この神社の中心にある稲荷塚は、平安後期に三条宗近（さんじょうむねちか）が名刀「小狐丸」を鍛えたところといわれています。
小狐丸ができるまでの物語は、能や歌舞伎、長唄、文楽の『小鍛冶』で語られてきました。
刀を打つのは一人でできず、うまく槌を打つ弟子が必要になります（「相槌」の語源です）。刀鍛冶であった宗近は、一条天皇から名剣を打てととの命を受けます。相槌を打つ弟子がいないのでいったん断ろうとしたが、山科の花山稲荷にお参りしたところ、稲荷明神から使いの狐が表れて相槌を打ってくれたため名刀が生まれたというお話です。

▲血判石。塀の内側にあり、なかなか見つけにくい。

「忠臣蔵」の主人公である大石内蔵助（おおいしくらのすけ）がよくお参りしたことでも知られています。
吉良邸への討ち入りの前、内蔵助は山科に住んでいました（詳細は大石神社・岩屋寺を参照）。この時期に花山稲荷を厚く崇敬したことで知られており、花山稲荷神社は俗に「大石稲荷」と呼ばれることがあります。
境内には内蔵助が寄進したと言われる鳥居や、内蔵助が赤穂浪士たちに血判をさせた石を見ることができます。